Sì, è possibile che ci sia malware non rilevato da Kaspersky, così come è possibile che Kaspersky rilevi dei "falsi positivi". L'ideale sarebbe fare una scansione con almeno due scanner diversi. Una volta sul sito di Symantec c'era una scansione online che permetteva di analizzare il sistema senza dover per forza installare un antivirus con tutte le sue componenti (spesso dannose e che rallentano il sistema). Se non trovi uno scanner online (sicuro) puoi provare a scaricare Clam Antivirus che è abbastanza leggero e puoi usarlo anche solo per fare una scansione, senza lasciarlo attivo in background (io lo uso così).
Non credo che aggiungere un altro sistema operativo (senza rimuovere quello preinstallato) invalidi la garanzia. Di norma i sistemi operativi odierni, se rilevano un altro sistema operativo durante l'installazione, creano automaticamente una menù di avvio a scelta multipla: quando installai XP si accorse di Windows ME e mi creò automaticamente il menù di avvio da cui scelgo con cosa avviare il PC. Basta non toccare la cartella in cui si trova il primo sistema operativo (solitamente C:\Windows\).
...hai provato a vedere se terminando i processi di Kaspersky il PC è più veloce?