Mi verrebbe da consigliarti di svuotare la cartella degli sms ricevuti, dopo aver fatto un backup dei messaggi, per poi ripristinarli, ma non so se Android lo permette... immagino di sì, visto che si poteva già fare coi cellulari di 20 anni fà.
Hai molti messaggi salvati? Non è che magari tre di questi non li hai scorsi fino all'ultima riga? Però è strano, perchè allora vedresti l'icona del messaggio non letto accanto a tre di quelli presenti...
Più tardi faccio una ricerca in giro, so quanto è fastidioso avere questi piccoli problemini apparentemente inspiegabili.